Cele mai cunoscute alge din iazurile cu crapi koi sunt cele unicelulare care fac masa apei de culoare verde si cele filamentoase.
Algele unicelulare pot fi combatute cu ajutorul lampilor UVC (clarificatoarelor) iar algele filamentoase pot fi combatute cu ajutorul algicidelor-diferite solutii sub forma de pudra sau lichide. Aparitia algelor filamentoase se datoreaza nivelului foarte ridicat de nitrati din iaz, lipsei denitrificarii din filtrul biologic.
Medicatiacrapilor koi este un subiect foarte complex si exista multe controverse referitor la medicamentul cel mai bun ce trebuie folosit. Inainte de a folosi un medicament trebuie sa stim de ce boala sufera pestele si in acelasi timp motivul aparitiei bolii. Unele substante chimice pot reduce radical nivelul de acoperire al mucoasei protectoare pe pesti. Cand crapii koi sunt stresati datorita schimbarii calitatii apei atunci si cantitatea de amoniac ce o produc creste. Toate substantele chimice au efect nociv asupra bacteriilor benefice din filtru si din iaz. Intodeauna cand folositi un medicament trebuie sa cunoasteti cu exactitate volumul iazului ca sa stiti cum sa dozati aceste produse. Alegerea produsului chimic corect este cea mai grea parte pentru tratarea unui iaz cu crapi koi.